A cidade de Guarulhos está oficialmente fora como sede oficial da 48º Copa São Paulo de Futebol Júnior. Segundo o Flamengo, isso aconteceu, pois o clube não terá o suporte do poder público municipal, fator ausente desde 2011. Por meio de uma nota oficial publicada em seu site, o Corvo revelou que há seis temporadas a equipe atua em logística financeira junto com parceiros, para bancar a participação da cidade no torneio.
Estas despesas são para mais de 100 pessoas e incluem: transporte, alimentação, hospedagem e lavanderia, requisitos que seriam responsáveis pela Prefeitura. A diretoria do Flamengo vem acertando sua logística para o Campeonato Paulista da Série A3 da temporada 2017.
O rubro-negro não conseguiu subir nesta temporada e foi eliminado na primeira fase Copa Paulista, no qual em dez jogos, obteve apenas uma vitória, além de dois empates e sete derrotas, além de 24 gols sofridos e uma goleada de 6×0 para a equipe do São José dos Campos, seu rival.
Com essa decisão, a categoria sub20, que realiza uma boa campanha no Campeonato Paulista, não irá participar da competição, no qual o Flamengo já participou em 1999, e 2005-2016, avançando de fase em duas oportunidades, em 2014, quando foi eliminado nas oitavas de final para o Atlético Mineiro, e 2016 foi eliminado pela equipe do Palmeiras, no primeiro estágio do mata-mata.
