Um total de R$ 319 milhões foi gasto para a construção das Estações de Tratamento de Esgotos (ETE) São João, Bonsucesso e Várzea do Palácio. No entanto, desde 2010 quando a primeira delas entrou em operação, o esgoto não é tratado.
Isso porque os resíduos produzidos nas residências não são transportados até onde as ETEs estão localizadas devido a falta de interligação dos sistemas domiciliares ao sistema público. Dessa forma, mesmo com capacidade para tratar 50% do esgoto, Guarulhos trata menos de 6%. Já a Companhia Ambiental do Estado de São Paulo (Cetesb) apontou que menos de 2% dos resíduos são tratados.
Dessa forma, a ETE Várzea do Palácio trata cerca de 20% do esgoto coletado; a ETE São João, aproximadamente, 16%; e no Bonsucesso o município trata 1%, em razão de um contrato cuja empresa abandonou as obras de afastamento e interceptação (coletores-tronco e interceptores).
Com a inauguração da ETE Várzea do Palácio, em 2014, a prefeitura afirmava que 50% do esgoto seria tratado. No entanto, após denúncias dos próprios funcionários do Saae, foi constatada que esta é a capacidade delas e não o que de fato vem sendo tratado. O índice de tratamento equivalente a essa capacidade será atingido ao longo do tempo, com o processo de interligação dos sistemas domiciliares ao sistema público.
O problema se torna mais grave já que o município assinou um Termo de Ajustamento de Conduta (TAC) junto ao Ministério Público que determina que até 31 de dezembro do ano que vem Guarulhos realize a execução das obras de interceptação, afastamento e tratamento de, no mínimo, 80% de todo o esgoto produzido.
Para cumprir o TAC, uma Parceria Público-Privada (PPP) foi feita, no entanto questionada pelo Governo do Estado que conseguiu na Justiça barrar a parceria. Um dos motivos para os questionamento estaduais é exatamente a dívida existente entre Saae e Sabesp.
